Le 5 janvier 1848, il effectue le trajet de Santa Fe à Independence en 14 jours, battant ainsi le record établi par Norris Colburn en août 1846. Le 28 mai 1848, il bat son propre record, effectuant le trajet en 8 1/2 jours. En septembre, il a l’intention d’effectuer le trajet en moins de six jours. Les journaux spéculent sur un tel exploit à réaliser, de fortes gageures se prennent. Le 12 septembre 1848, il quitte Santa Fe, à l’aube amenant plusieurs chevaux de selle. Le premier des cinq relais est à 300 km. On y a prévu des chevaux de remplacement à ceux qui arriveront épuisés par ce long périple. Dolly sera utilisée en premier parce qu’elle est la plus rapide et que les féroces Apaches abondent dans la région de Santa Fe. Aucune attaque indienne ne surviendra mais par contre, une pluie d’une durée de 24 heures rendra la piste boueuse sur 1000 km et fera déborder les rivières. En cours de route, il livre du courrier pour l’armée et règle des affaires à Fort Atkison. Ne prenant que six repas, il épuise six chevaux, marche 35 km, ne dort que quelques heures et arrive à Independence le soir du 17 septembre. Il chevaucha 1300 km en cinq jours et demi. C’est un exploit en soi. Tous les journaux en parlent. D’ailleurs en 1860, le système du Pony Express¹⁰ s’inspirera de la course à relais mise au point par Aubry.

Un historien du Pony Express, William Vissher, écrit que «la course d’Aubry et la plus grande performance physique qu’un cavalier de l’Ouest puisse avoir accomplie».¹¹